From 906c71595bdc9a8859af17b7af2366f514504193 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Harry Hung <4848896+HarryHung@users.noreply.github.com> Date: Thu, 3 Oct 2024 23:28:14 +0100 Subject: [PATCH] Move serotype database to local --- db/GBS-SBG/GBS-SBG.fasta | 1527 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ db/GBS-SBG/README.md | 7 + main.nf | 2 +- modules/serotyping.nf | 7 +- nextflow.config | 1 + 5 files changed, 1537 insertions(+), 7 deletions(-) create mode 100644 db/GBS-SBG/GBS-SBG.fasta create mode 100644 db/GBS-SBG/README.md diff --git a/db/GBS-SBG/GBS-SBG.fasta b/db/GBS-SBG/GBS-SBG.fasta new file mode 100644 index 0000000..5f48ede --- /dev/null +++ b/db/GBS-SBG/GBS-SBG.fasta @@ -0,0 +1,1527 @@ +>1__GBS-SBG__GBS-SBG:Ia__1 +GCAAAAGAACAGATGGAACAAAGTGGTTCAAAGTTCTTAGGTATTATTCTTAATAAAGTT +AGTGAATCTGTTGCTACTTACGGCGATTATGGAAATTACGGAAAAAGGGATAGAAAAAGG +AAGTAAGGGGCTCTTGTATTGAAAGAAAAAGAAAATATACAAAAGATTATTATAGCGATG +ATTCAAACAGTTGTGGTTTATTTTTCTGCAAGTTTGACATTAACATTAATTACTCCCAAT 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+GCAAAAGAACAGATGGAACAAAGTGGTTCAAAGTTCTTAGGTATTATTCTTAATAAAGTT +AATGAATCTGTTGCTACTTACGGCGATTACGGCGATTATGGAAATTACGGAAAAAGGGAT +AGAAAAAGGAAGTAAGGGGCTCTGGTATTGAAAGAAAAAGAAAATATACAAAAGATTATT +ATAGCGATGATTCAAACAGTTGTAGTTTATTTTTCTGCAAGTTTGACATTAACATTAATT +ACTCCCAATTTTAAAAGCAATAAAGATTTATTGTTTGTTCTATTGATACATTATATTGTC +TTTTATCTTTCTGATTTTTACAGAGATTTTTGGAGTCGTGGCTATCTTGAAGAGTTTAAA +ATGGTATTGAAATACAGCTTTTACTATATTTTCATATCAAGTTCATTATTTTTTATTTTT +AAAAACTCTTTTACAACGACACGACTTTCCTTTTTTACTTTTATTGCTATGAATTCGATT +TTATTATATCTATTGAATTCATTTTTAAAATATTATCGAAAATATTCTTACGCTAAGTTT +TCACGAGATATCAAAGTTGTTTTGATAACGAATAAGGATTCTTTATCAAAAATGACCTTT +AGGAATAAATACGACCATAATTATATCGCTGTCTGTATCTTGGACTCCTCTGAAAAGGAT +TGTTATGATTTGAAACATAACTCGTTAAGGATAATAAACAAAGATGCTCTTACTTCAGAG +TTAACCTGCTTAACTGTTGATCAAGCTTTTATTAACATACCCATTGAATTATTTGGTAAA +TACCAAATACAAGATATTATTAATGACATTGAAGCAATGGGAGTGATTGTCAATGTTAAT +GTAGAGGCACTTAGCTTTGATAATATAGGAGAAAAGCGAATCCAAACTTTTGAAGGATAT +AGTGTTATTACATATTCTATGAAATTCTATAAATATAGTCACCTTATAGCAAAACGATTT 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+Tiruvayipati, et al. "GBS-SBG - GBS Serotyping by Genome Sequencing." Microb Genom. 2021 Dec;7(12). doi: 10.1099/mgen.0.000688 \ No newline at end of file diff --git a/main.nf b/main.nf index 843ef9f..d9a3efc 100644 --- a/main.nf +++ b/main.nf @@ -288,7 +288,7 @@ workflow { if (params.run_sero_res){ // Serotyping Process - serotyping(read_pairs_ch, params.serotyper_min_read_depth) + serotyping(read_pairs_ch, file(params.sero_gene_db, checkIfExists: true), params.serotyper_min_read_depth) // Resistance Mapping Workflows GBS_RES(read_pairs_ch) diff --git a/modules/serotyping.nf b/modules/serotyping.nf index 55dccf8..c6baf10 100644 --- a/modules/serotyping.nf +++ b/modules/serotyping.nf @@ -2,6 +2,7 @@ process serotyping { input: tuple val(pair_id), file(reads) // ID and paired read files + path(sero_gene_db) val(min_read_depth) // Minimum read depth threshold output: @@ -9,16 +10,10 @@ process serotyping { script: output_file="${pair_id}_SeroType_Results.txt" - sero_gene_db="GBS-SBG.fasta" - """ set +e # Must create an output file (empty if fails) - # Get latest version of GBS Serotype Database - git clone https://github.com/swainechen/GBS-SBG - mv GBS-SBG/${sero_gene_db} . - srst2 --samtools_args '\\-A' --input_pe ${reads[0]} ${reads[1]} --output SERO_${pair_id} --log --save_scores --gene_db ${sero_gene_db} process_serotyper_results.py --srst2_output SERO_${pair_id} --sero_db ${sero_gene_db} --output ${pair_id}_SeroType_Results.txt --min_read_depth ${min_read_depth} diff --git a/nextflow.config b/nextflow.config index 73c402b..38ba909 100644 --- a/nextflow.config +++ b/nextflow.config @@ -14,6 +14,7 @@ params { version = "" db_version = "0.2.1" db_dir = "./db/$db_version" + sero_gene_db = "./db/GBS-SBG/GBS-SBG.fasta" results_dir = "" config = "./headers.json" contigs = ""