-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
main.nf
75 lines (64 loc) · 2.34 KB
/
main.nf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nf-core/pathogenseq
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nf-core/pathogenseq
Website: https://nf-co.re/pathogenseq
Slack : https://nfcore.slack.com/channels/pathogenseq
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
// params.fasta = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'fasta')
// print("xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxllllllllllllllllll")
// print(params.fasta)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
WorkflowMain.initialise(workflow, params, log)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//include { PATHOGENSEQ } from './workflows/pathogenseq'
if (params.platform == 'illumina') {
include { ILLUMINA } from './workflows/illumina'
} else if (params.platform == 'nanopore') {
include { NANOPORE } from './workflows/nanopore'
}
//
// WORKFLOW: Run main nf-core/pathogenseq analysis pipeline
//
workflow NFCORE_PATHOGENSEQ {
if (params.platform == 'nanopore'){
NANOPORE ()
}
else if (params.platform == 'illumina') {
ILLUMINA ()
}
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
//
workflow {
NFCORE_PATHOGENSEQ ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/