Workshop CDSB 2023: Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única.

07-11 de agosto de 2023

Bienvenidos al Workshop Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única!

Estamos encantadxs de anunciar que la CDSB, junto con la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) y el Nodo Nacional de Bioinformática en la UNAM (NNB-CCG), está organizando el taller Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única como parte del Encuentro Nacional de Bioinformática México 2023.

Todas las sesiones serán teóricas y prácticas. Nos enfocaremos en dos temas principales:

• Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única
• Creación de paquetes de R/Bioconductor

¡Registrate aquí!

Instructores

• Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes
• Dra. Laura Gómez Romero
• Dra. Yalbi Balderas Martínez
• Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete
• M.C. José Antonio Ovando Ricárdez
• M.C. Erick Cuevas Fernández
• Dra. Alejandra Medina Rivera
• Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa
• Andrés Arredondo Cruz
• Dr. Leonardo Collado-Torres

Ayudantes

• Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete
• Andrés Arredondo Cruz
• M.C. Diego Ramírez
• M.C. Luis Alberto Meza

Temario

Consulta el calendario de este curso en: http://bit.ly/calendarcdsb2023

• Día 1: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte I

  • Presentación de la CDSB.
  • Estructura e importe de datos.
  • Control de calidad.
  • Normalización.

• Día 2: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte II

  • Selección de genes altamente variables.
  • Reducción de dimensiones.
  • Clustering.
  • Genes marcadores.
  • Anotación de tipos celulares.

• Día 3: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte I

  • Nuevas funcionalidades de RStudio, Quarto.
  • Control de versiones con GitHub y RStudio.
  • Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio.
  • Infraestructura de un paquete de R/Bioconductor.
  • Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
  • Documentación de funciones.
  • Sesión social: Conociendo a la comunidad.

• Día 4: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte II

  • Diseño de pruebas.
  • Creación de viñetas.
  • Compilación e instalación de paquetes.
  • Proyectos colaborativos Parte I.

• Día 5: Proyectos colaborativos

  • Proyectos colaborativos Parte II.
  • Presentación de proyectos.
  • Clausura.

Patrocinadores

Agradecemos el apoyo de: