Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Jump to bottom

Update wastewater #1061

Merged
merged 3 commits into from
Nov 10, 2023
Merged

Update wastewater #1061

Show file tree
Hide file tree
Changes from all commits
Commits
Show all changes
3 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
97d7086
Update wastewater
LianeHughes Nov 10, 2023
921cbf7
Update postcovid
LianeHughes Nov 10, 2023
fda0631
fix md
LianeHughes Nov 10, 2023
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
31 changes: 18 additions & 13 deletions content/english/dashboards/post_covid.md
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -27,7 +27,8 @@ For more information on _Post COVID-19 condition_ in Sweden, please see [this se

### Data

<div class="alert alert-info">All data last updated: {{% postcovid_date_modified %}}</div>
<div class="alert alert-info">All data last updated: 2023-11-10</div>
<!-- {{% postcovid_date_modified %}} -->

The data underlying the visualisations on this page are from [The Swedish Board of Health and Welfare](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/statistik/statistik-om-covid-19/) and comprise of data from both the [Patient Register](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/register/alla-register/patientregistret/) and the [‘Cause of Death’ Register](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/register/alla-register/dodsorsaksregistret/). The data are updated monthly, on the second Wednesday of the month, and are available for download [here](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/statistik/statistik-om-covid-19/). Additional data about COVID-19 can be requested from the corresponding registers by any researchers fulfilling the requirements for access, the guidelines for access via the RUT (Register Utiliser Tool) are available [here](https://bestalladata.socialstyrelsen.se/data-for-forskning/).

Expand All @@ -50,15 +51,17 @@ These plots display the number of times that patients were assigned the diagnose
#### Diagnosis U09.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U099_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/create_agesex_distcases.py).

#### Diagnosis Z86.1A/U08.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U089_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/create_agesex_distcases.py).
Expand All @@ -70,15 +73,17 @@ The maps below show the number of people that received the diagnoses of interest
#### Diagnosis U09.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U099.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/map_postcovid_percent_of_population_U099.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U099.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

**Code used to produce plot:** [Data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_dataprep.py), [Script to produce map](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_mapfig_population_U099.py).

#### Diagnosis Z86.1A/U08.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U089.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/map_postcovid_percent_of_population_U089.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U089.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

**Code used to produce plot:** [Data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_dataprep.py), [Script to produce map](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_mapfig_population_U089.py).
Expand Down Expand Up @@ -116,7 +121,8 @@ The maps below show the number of people that received the diagnoses of interest
The below table displays the most common types of diagnosis (diagnosis groups) that have been reported together with the _U09.9 (ICD-10-SE) - Postinfectious state associated with COVID-19, unspecified_ diagnosis. In particular, the values in the table represent the amount of individuals that received the _U09.9_ diagnosis alongside one of the diagnoses below. The data was recorded between 16th October 2020 and the most recent data update (see above).

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/accompdiag_table.json" height="527px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/accompdiag_table.json" height="527px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/accompdiag_table.json" height="527px" >}}</div> -->
</div>

<span class="text-muted">_Note that an individual may have more than one of the accompanying diagnoses. However, if an individual has the same issue on multiple doctor visits/healthcare contacts, the diagnosis will only be counted once_</span>
Expand All @@ -132,13 +138,10 @@ The below plot shows the number of times that patients given the diagnoses of in
</div>

<div class="d-md-none plot_wrapper">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/weeklycontacts_healthcare.json" height="300px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/weeklycontacts_healthcare.json" height="300px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/weeklycontacts_healthcare.json" height="300px" >}}</div> -->
</div>

<!-- <div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/weeklycontacts_healthcare.json" height="500px" >}}</div>
</div> -->

**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/weeklycontacts_healthcare.py).

### Contacts with healthcare, divided by patient sex
Expand All @@ -152,7 +155,8 @@ The below plots show the number of times that patients given one of the diagnose
</div>

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U099_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/weeklycontacts_healthcare_divsex.py).
Expand All @@ -164,7 +168,8 @@ The below plots show the number of times that patients given one of the diagnose
</div>

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U089_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/weeklycontacts_healthcare_divsex.py).
Expand Down
29 changes: 19 additions & 10 deletions content/svenska/dashboards/post_covid.md
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -28,7 +28,8 @@ För mer information om postcovid i Sverige, se följande [avsnitt](https://www.

### Data

<div class="alert alert-info">Senaste uppdatering: {{% postcovid_date_modified %}}</div>
<div class="alert alert-info">Senaste uppdatering: 2023-11-10</div>
<!-- {{% postcovid_date_modified %}} -->

Alla data som presenteras här finns tillgängliga för nedladdning från [Socialstyrelsen](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/statistik/statistik-om-covid-19/) och bygger på data från Patientregistret [Patientregistret](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/register/alla-register/patientregistret/) och [Dödsorsaksregistret](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/register/alla-register/dodsorsaksregistret/). Data uppdateras varje månad, den andra onsdagen i månaden och finns tillgängliga [här](https://www.socialstyrelsen.se/statistik-och-data/statistik/statistik-om-covid-19/). Forskare kan ansöka om tillgänglighet till ytterligare data via RUT (Register Utiliser Tool) om deras projekt uppfyller kraven för åtkomst. Riktlinjerna finns [här](https://bestalladata.socialstyrelsen.se/data-for-forskning/).

Expand All @@ -53,15 +54,17 @@ Detta diagram visar antalet gånger patienter som diagnostiserats med diagnoser
#### Diagnoskod U09.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U099_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa visualisering](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/create_agesex_distcases.py).

#### Diagnoskod Z86.1A/U08.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U089_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_agesex_casedist.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa visualisering](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/create_agesex_distcases.py).
Expand All @@ -73,15 +76,17 @@ Geografisk fördelning av diagnostiserade fall i förhållande till befolkningss
#### Diagnoskod U09.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U099_Swedish.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/map_postcovid_percent_of_population_U099_Swedish.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U099_Swedish.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

**Källkod som används för att skapa visualisering:** [Källkod som används för databeredning](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_dataprep.py), [Källkod som används för att skapa kartan](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_mapfig_population_U099.py).

#### Diagnoskod Z86.1A/U08.9

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U089_Swedish.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/map_postcovid_percent_of_population_U089_Swedish.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/map_postcovid_percent_of_population_U089_Swedish.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

**Källkod som används för att skapa visualisering:** [Källkod som används för databeredning](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_dataprep.py), [Källkod som används för att skapa kartan](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/postcovid_mapfig_population_U089.py).
Expand Down Expand Up @@ -119,7 +124,8 @@ Kartorna nedan visar antal individer som fått diagnoskoderna av intresse per l
Denna tabell visar de vanligaste diagnosgrupper som har rapporterats tillsammans med diagnoskoden _U09.9 (ICD-10-SE)-Post-infektiöst tillstånd efter covid-19 (Postcovid)_. Siffrorna och procentsatserna nedan visar hur många individer som fått diagnosen U09.9 och samtidigt har diagnoser från nedanstående diagnosgrupper. Data nedan återspeglar perioden från och med den 16 oktober 2020 och fram till den senaste uppdateringen (se ovan).

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/accompdiag_table_swe.json" height="500px" >}}</div>
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/accompdiag_table_swe.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/accompdiag_table_swe.json" height="500px" >}}</div> -->
</div>

<span class="text-muted">_Observera att en individ kan ha mer än en diagnosgrupp som rapporteras tillsammans med U09.9 Postinfektiöst tillstånd efter covid-19 (Postcovid). Om en individ har samma besvär vid flera vårdtillfällen/läkarbesök räknas diagnosen bara en gång._</span>
Expand All @@ -135,7 +141,8 @@ Denna graf visar antal vårdkontakter för patienter med de av de tre diagnoskod
</div>

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/weeklycontacts_healthcare.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/weeklycontacts_healthcare.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/weeklycontacts_healthcare.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/weeklycontacts_healthcare.py).
Expand All @@ -151,7 +158,8 @@ Dessa grafer visar antal vårdkontakter för patienter som diagnostiserats med e
</div>

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U099_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U099_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/weeklycontacts_healthcare_divsex.py).
Expand All @@ -163,7 +171,8 @@ Dessa grafer visar antal vårdkontakter för patienter som diagnostiserats med e
</div>

<div class="plot_wrapper mb-3">
<div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
<!-- <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/U089_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div> -->
<div class="table-responsive">{{< plotly json="/img/postcov_plots/U089_healthcare_divsex.json" height="500px" >}}</div>
</div>

**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/postCOVID/weeklycontacts_healthcare_divsex.py).
Expand Down Expand Up @@ -192,7 +201,7 @@ I enlighet med Socialstyrelsen så använder vi på denna sida definitionen post

### Definition saknas

I september 2020, inrättade WHO [ICD10](https://www.who.int/standards/classifications/classification-of-diseases/emergency-use-icd-codes-for-covid-19-disease-outbreak) koden för _Post COVID-19 condition - U09.9 - Post COVID-19 condition, unspecified_. En [WHO rapport från april 2021](https://www.who.int/publications/i/item/9789240025035)  beskriver att det finns ett behov av att karakterisera och tidigare definiera tillståndet efter COVID-19 för att öka förståelsen för tillståndet och underlätta diagnosticering. Idag har postcovid ännu inte en universell definition med avseende symptom och sjukdomsvaraktighet vilket behövs för diagnos. Myndigheter och institut i olika länder använder egna definitioner och termer. Relaterade diagnoskoder som upprättats av WHO är _U08.9 - Personal history of COVID-19, unspecified and U10.9 - Multisystem inflammatory syndrome associated with COVID-19, unspecified. Diagnoskoden _U08.9_ används för att beskriva en tidigare covid-19 infektion (bekräftad eller sannolik) som kan påverka individens hälsostatus, även om den akuta infektionen är över. Diagnoskoden _U10.9_ används för att beskriva ”...a temporal association with COVID-19: Cytokine storm; Kawasaki-like syndrome; Multisystem Inflammatory Syndrome in Children (MIS-C); Paediatric Inflammatory Multisystem Syndrome (PIMS)...”.
I september 2020, inrättade WHO [ICD10](https://www.who.int/standards/classifications/classification-of-diseases/emergency-use-icd-codes-for-covid-19-disease-outbreak) koden för _Post COVID-19 condition - U09.9 - Post COVID-19 condition, unspecified_. En [WHO rapport från april 2021](https://www.who.int/publications/i/item/9789240025035)  beskriver att det finns ett behov av att karakterisera och tidigare definiera tillståndet efter COVID-19 för att öka förståelsen för tillståndet och underlätta diagnosticering. Idag har postcovid ännu inte en universell definition med avseende symptom och sjukdomsvaraktighet vilket behövs för diagnos. Myndigheter och institut i olika länder använder egna definitioner och termer. Relaterade diagnoskoder som upprättats av WHO är: U08.9 - Personal history of COVID-19, unspecified och U10.9 - Multisystem inflammatory syndrome associated with COVID-19, unspecified. Diagnoskoden U08.9 används för att beskriva en tidigare covid-19 infektion (bekräftad eller sannolik) som kan påverka individens hälsostatus, även om den akuta infektionen är över. Diagnoskoden U10.9 används för att beskriva ”...a temporal association with COVID-19: Cytokine storm; Kawasaki-like syndrome; Multisystem Inflammatory Syndrome in Children (MIS-C); Paediatric Inflammatory Multisystem Syndrome (PIMS)...”.

I England har [National Institute for Health and Care Excellence (NICE)](https://www.nice.org.uk) [definierat](https://www.nice.org.uk/guidance/ng188/chapter/context) _Post-COVID-19 syndrom_ som ”…Signs and symptoms that develop during or after an infection consistent with COVID-19, continue for more than 12 weeks and are not explained by an alternative diagnosis. It usually presents with clusters of symptoms, often overlapping, which can fluctuate and change over time and can affect any system in the body…”. NICE säger att Post COVID 19 -syndrom kan betraktas som en diagnos under de tre första månaderna efter akut infektion, medan sjukvården bedömer om patienten kan ha en alternativ underliggande sjukdom som kan förklara symptomen.

Expand Down
Loading
Loading