1. Contexte scientifique

D-Genies est un logiciel qui a été développé en 2018 par F. Cabanettes lors d'un contrat financé par France Génomique
C'est un logiciel et service web de qui permet de générer un alignement entre 2 génomes et de le visualiser sous la forme d'un dotplot.

2. Description de la demande

Rappel

D-Genies permet:

• d'aligner deux génomes (ou un génome avec lui-même) fournis sous la forme de séquences fasta.
• de visualiser un alignement à l'aide d'un dotplot intéractif qui permet entre autre de zoomer sur des zone d'intérêt .
• le lancer des alignements et calculs de visualisation en mode batch.

D-Genies peut fonctionner en mode standalone en logiciel autonome, effectuant un job à la fois, ou bien en mode serveur, pouvant réaliser plusieurs jobs en parallèle.

Le mode serveur pour aussi soumettre les jobs de calcul à un cluster utilisant l'ordonnanceur slurm ou sge.

Demande

L'objectif de ce livrable est d'ajouter des pistes (tracks) d'annotations sur les côtés du dotplot (en haut et à droite) pour indiquer plus facilement des pistes d'intérêt. Les donnés d'annotation seront fournies à l'aide de fichiers BED et/ou Wiggle.

3. Organisation

3.1 Planning

Cette version doit être réalisé pour fin janvier 2024.

3.2 Personnes

Implémentation: PB.
Tests du traitement: PB & CK

3.3 Ressources matériels

• VM de dev,
• VM de prod

3.4 Ressources financières

Ressources propres

4. Échéancier

fin janvier 2024: Version de test

5. Critères de validations

La soumisson des fichiers de tests usuels pour la non régression en prenant soin de tester les nouvelles fonctionnalitées

6. Revue de projet et modifications du planning et des ressources

6.1 Revue du 2023-11-21

Ce qui a été fait:

• Chargement basique des fichiers Wiggle et BED
• Affichage, zoom, translations des pistes en cohérence avec dotplot
• Tooltips sur pistes

Ce qui reste à faire:

• Vérification à l'upload des fichiers Wiggle et BED.
• Upload de fichiers d'annotation en mode align et batch
• Mettre à jour les exemples
• Projections pistes vers dotplot et réciproque
• Legendes
• clic droit sur pistes

Decision

P.B. est mobilisé sur d'autres projets, pas de ressources disponibles pour continuer ce milestone. Il est mis en pause indéfiniment

Màj juin 2024: l'arrivée d'un stagiaire entrainera la création d'une nouvelle milestone