Patpat Runtime Environment_zh

构建 Patpat 的运行环境

我们需要创建一个目录patpat_env使得 Patpat 得以正常运行，该目录包含四个子目录，如下：

patpat_env/
    |-- logs/
    |-- tmp/
    |-- result/
    |-- proteome/

• logs/ 存放日志
• tmp/ 存放缓存，以实现断点续传
• result/ 存放搜索结果
• proteome/ 存放描述蛋白质组序列的FASTA文件

首次运行

构建运行环境的方法被封装于函数utility.init()中。另外，通过函数utility.initiate_uniprot_proteome_catalog()， 可从UniProt数据库下载 蛋白质组索引文件， 这是Patpat从UniProt下载蛋白质组FASTA所必要的文件。

import patpat.utility as utility
utility.init()
utility.initiate_uniprot_proteome_catalog()

运行之后：

patpat_env/
    |-- proteome/
        |-- UP_README_yyyy-mm-dd

这样Patpat应该就能正常运行了，让我们开始构建搜索配置吧！ 通过 QueryHub 构建搜索配置