所以我们来总结一下， ATAC-seq归根结底能用来干什么？
1、鉴定重要转录因子：根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif 分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，最常见的就是去研究转录因子结合的启动子区域（对于抗体质量不好的转录因子，尤其有效）
2、生成转录因子结合区域的特征(footprinting)：转录因子结合在DNA上后，它占有的空间阻碍了转座酶Tn5酶切在其他无核小体区域，这样就会留下一个一个小区域，称为足迹（footprint），在这些区域中，reads由高覆盖率峰值突然下降。所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态，主要应用于研究细胞重编程机制，染色质重塑因子，表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。下面这张图就是已知motif的足迹分析，大概会看到有9个碱基作用的motif