Skip to content

PyMOL

Jump to bottom
filips edited this page Jun 30, 2021 · 60 revisions

PyMOL

Uruchamianie ♨️

  • uruchamiamy terminal (Start -> terminal) lub klawiszami ctrl+alt+t
  • wpisujemy pymol

GUI Window

pymol gui

  • File - otwieranie, zapisywanie plików i sesji.
  • Wizard - czarodzieje, np pomiar odległości i kątów

Viewer window

Menu górne

pymol viewer

  • A - Actions
  • S - Show
  • H - Hide
  • L - Labels - etykiety
  • C - Colors

Actions

pymol viewer

  • zoom, orient, center - przybliża, centruje widok na wybranym obiekcie
  • preset - predefiniowane widoki, np pretty, publication, ligand sites
  • align - alignowanie = wyrównywanie dwóch obiektów, np dwóch białek.
  • rename object - zmiana nazwy obiektu
  • duplicate object - zduplikowanie obiektu
  • delete object - usunięcie obiektu
  • hydrogens - manipulacja wodorami - dodanie, usunięcie itp
  • remove waters - usunięcie wód (H2O)

Menu dolne

pymol viewer

  • Selecting - co będzie zaznaczane podczas kliknięcia: reszty (residues), atoms (atomy), chains (łańcuchy)...
  • S - pokaż sekwencję (interaktywne!)
  • F Full screen

Przydatne komendy

co napisać co to robi
fetch 5CF8 Pobiera z bazy PDB strukturę o podanym kodzie
set_name old_name, new_name Zmiana nazwy obiektu

Look and feel

co napisać co to robi
bg_color white kolor tła - biały
set transparency, 0.5 przezroczystość
ray raytracing
set grid_mode,1 set grid_mode,0 włącza/wyłącza podział ekranu na części

Inne

co napisać co to robi
png Zapisuje to co widać jako plik graficzny png
h_add Dodaje wodory do struktur
distance wodorowe, receptor, ligand, mode=2 Pokazuje wiązania wodorowe między receptorem a ligandem
show_bumps Pokazuje nałożenia steryczne reszt (clashes) wiki

Zaawansowane

Rozszerzenia

Komendy

co napisać co to robi
cartoon loop Pocienia cartoon (więcej przykładów)
label n. CA, "%s%s" % (resn, resi) dodanie etykiet do aminokwasów
set stereo_mode, 10
stereo 		obraz 3D do oglądania w okularach niebiesko-różnowych (inne przykłady)
Aby wyjść ze stereo mode, wpisz: stereo off

Selekcja

select nowa nazwa, SELEKTOR

SELEKTOR co znaczy
symbol atomy o symbolu, np select polar, symbol n+o
resn nazwy reszt aminokwasowych, np: select aminokwasy, resn GLY+ALA
lub innych nazw, np woda: select woda, resn HOH
resi Identyfikator (numer) aminokwasu, np: select reszty, resi 210+222+311
albo zakres: select reszty, resi 210-311
chain Łańcuch, np select lancuchB, chain B

Inne

import findseq
findseq FATEW, protein   # szuka sekwencji FATEW w protein

Przykłady

  • Zaznaczenie aminokwasów hydrofobowych: select hydrophobes, resn ALA+GLY+VAL+ILE+LEU+PHE+MET+TYR+TRP
  • Zaznaczenie atomów w okolicy ligandu oprócz innych ligandów (heteroatomów): select okolice, (ligand around 8) and not het
  • lepsze - bo zaznacza całe reszty: select br. all within 8 of ligand
  • tylko w białku: select okolica, br. bialko within 5 of ligand

Szybkie pokazanie miejsca wiązania

extract lig, organic
extract prot, polymer

show surface, prot within 8 of lig
set two_sided_lighting
set transparency, 0.5
show sticks, lig
orient lig

set surface_color, white

select near_ten, lig around 5
select complete_res, br. near_ten
# show as sticks


# set cartoon_fancy_helices, 0
# set cartoon_transparency, 0.5
# set ray_trace_mode, 3

Inne przydatne

# wywala wszystko co jest dalej niż 10 A od objektu
remove * beyond 10 of objekt

# rename object
set_name old_name, new_name

# cienkie linie
set line_width, 0.5

# label size and stuff, see: https://pymol.org/dokuwiki/?id=setting:label
# 1. - label with labelling wizard
set label_size, 36
set label_bg_outline, true
set label_bg_color, silver
set label_connector, true

# All in one 1:
set label_size, 36; set label_bg_outline, true; set label_bg_color, silver; set label_connector, true

## All in one 2:
set label_bg_outline, true; set label_bg_color, silver; set label_connector, true; set label_connector_color, silver; set label_connector_mode, 2

label (sele), "%s-%s" % (resn, resi)

# przeźroczyste tło w renderach

set ray_opaque_background, off

# rozmiar sfery (np woda)
set sphere_scale, 0.1

# rozczłonkowanie wszytskich states - w tę i we wtę

set all_states, 1
set all_states, 0

# sates
create pose_213, all+ref, 213
set state, 213, pose_213

# split states first and last:
split_states sele, 100, 101


# np dla cartoons, np (liczby 0 - default, 1,2,3) - rysunkowe, czarno-białe itp.
set ray_trace_mode, 3

Loop over all objects and do something:

[print(x) for x in cmd.get_object_list('Filip*') ]

[cmd.align(x, 'ligand') for x in cmd.get_object_list('mm*') ]

# small molecules, with psico
# https://pymolwiki.org/index.php/Mcsalign
# https://pymolwiki.org/index.php/Psico
[cmd.mcsalign(x, 'ligand') for x in cmd.get_object_list('mm*') ]

[cmd.enable(x) for x in cmd.get_object_list('Filip*') ]

[cmd.extract("%s-ligand" % (x), "organic and %s" % (x) ) for x in cmd.get_object_list('*M') ]

[cmd.pseudoatom("label--"+x) for x in cmd.get_object_list('*M') ]
[cmd.label(x, '"%s" ' % ( x.upper()[:4] ) ) for x in cmd.get_object_list('label--*') ]

Simple script:

for x in cmd.get_object_list('Filip*'):
        print(x)
        cmd.enable(x);
        cmd.ray()
        cmd.png("%s.png" % (x) )
        cmd.disable(x);
# podpisanie całej struktury
pseudoatom forLabel
label forLabel, "This Protein is a Carbohydrate Active Enzyme"
set label_color, black

Movies

  • mplay
  • mstop
  • mpng
  • bash: mencoder "mf://*.png" -mf type=png:fps=15 -ovc lavc -o output.avi

Computer Aided Drug Design @ Politechnika Warszawska, Filip Stefaniak

🏡 Home

ℹ️ Informacje

📔 Słowniczek

📒 KNIME - podstawy

Clone this wiki locally